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DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具-(第三版)

DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具-(第三版)

作者：薛慶忠
出版社：科學(xué)出版社出版時(shí)間：2012-06-01
開本： 其它 頁數(shù)： 356
中 圖 價(jià):¥83.2(6.5折) 定價(jià)  ¥128.0 登錄后可看到會員價(jià)
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DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具-(第三版) 版權(quán)信息

DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具-(第三版) 本書特色

近年來新一代測序技術(shù)的研發(fā)和應(yīng)用，極大地推動了基因組科學(xué)的發(fā)展，也給基因組數(shù)據(jù)分析帶來巨大的新挑戰(zhàn)。第三版對前兩版原有內(nèi)容做了大量更新和補(bǔ)充，《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）》17章，分別從基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)三個層次詳細(xì)介紹了常用的基因數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)工具；為適應(yīng)windows7的環(huán)境，將bioperl程序包的數(shù)據(jù)分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代測序數(shù)據(jù)分析實(shí)例，包括snvs和indel識別、小rna-seq分析、枯草桿菌全基因組序列拼接；并對bowtie等讀序列定位工具和ucsc瀏覽器的使用做介紹。 《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）》內(nèi)容深入淺出、圖文并茂。書中提及的各種方法均有充實(shí)的例證并附上相關(guān)數(shù)據(jù)和圖表，供讀者理解和參考；書后還附有中英文的專業(yè)術(shù)語和詞匯？勺鳛閷蚪M學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、生物信息學(xué)感興趣的本科生、研究生和研究人員學(xué)習(xí)、研究的重要工具手冊。

DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具-(第三版) 內(nèi)容簡介

薛慶中等編著的《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第3版)》分8章。第1章闡述序列比較的核心方法，即運(yùn)用blast和clustalx等工具做序列比對。第2章重點(diǎn)介紹了核苷酸序列分析工具，主要包括：基因預(yù)測、編碼區(qū)結(jié)構(gòu)分析、可變剪切分析、預(yù)測基因啟動子等。第3章蛋白質(zhì)氨基酸序列分析從搜索數(shù)據(jù)庫開始，隨后對蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域和三維空間結(jié)構(gòu)、預(yù)測目標(biāo)蛋白的生物功能等工具進(jìn)行逐一介紹。第4章使用tm4軟件可實(shí)現(xiàn)芯片的數(shù)據(jù)采集，低質(zhì)量過濾，標(biāo)準(zhǔn)化處理。第5章簡介geneontology和kegg數(shù)據(jù)庫，將分別有助于挖掘基因和蛋白的功能及其代謝途徑分析。第6章介紹分子進(jìn)化遺傳分析工具包，用mega4繪制系統(tǒng)發(fā)生樹，為研究基因進(jìn)化打好基礎(chǔ)。第7章利用x！tandem軟件鑒定蛋白質(zhì)的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，再將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫鑒定出蛋白，并借助tpp軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，優(yōu)化檢索結(jié)果。第8章介紹cytoscape系統(tǒng)生物學(xué)分析軟件，展示蛋白－蛋白相互作用，并實(shí)現(xiàn)與基因表達(dá)等數(shù)據(jù)有機(jī)整合。書后附有專業(yè)詞索引。

DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具-(第三版) 目錄

第三版前言
第二版前言
**版前言
第1章 序列比對工具blast和clustalx
1.1 blast搜索程序
1.2 本地運(yùn)行blast(windows系統(tǒng))
1.3 多序列比對(clustalx)
參考文獻(xiàn)
第2章 真核生物基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測
2.1 基因可讀框的識別
2.2 cpg島、轉(zhuǎn)錄終止信號和啟動子區(qū)域的預(yù)測
2.3 基因密碼子偏好性計(jì)算:codonw的使用
2.4 采用mrna序列預(yù)測基因:spidey的使用
2.5 astd數(shù)據(jù)庫簡介
參考文獻(xiàn)
第3章 電子克隆
3.1 種子序列的搜索
3.2 序列拼接
3.3 在水稻數(shù)據(jù)庫中的電子延伸
3.4 電子克隆有關(guān)事項(xiàng)的討論
參考文獻(xiàn)
第4章 分子進(jìn)化遺傳分析工具(mega5)
4.1 序列數(shù)據(jù)的獲取和比對
4.2 進(jìn)化距離的估計(jì)
4.3 分子鐘假說的檢驗(yàn)
4.4 系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
參考文獻(xiàn)
第5章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測
5.1 蛋白質(zhì)信息數(shù)據(jù)庫
5.2 蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)分析
5.3 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
5.4 蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域
5.5 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
5.6 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可視化工具
參考文獻(xiàn)
第6章 序列模體的識別和解析
6.1 meme程序包
6.2 通過meme識別dna或蛋白質(zhì)序列中模體
6.3 通過mast搜索序列中的已知模體
6.4 通過glam2識別有空位的模體
6.5 通過glam2scan搜索序列中的已知模體
6.6 應(yīng)用tomtom與數(shù)據(jù)庫中的已知模體進(jìn)行比對
6.7 應(yīng)用gomo鑒定模體的功能
6.8 應(yīng)用mcast搜索基因表達(dá)調(diào)控模塊
6.9 應(yīng)用meme-chip發(fā)現(xiàn)dna序列模體
6.10 應(yīng)用spamo推測轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)
6.11 應(yīng)用dreme發(fā)現(xiàn)短的正則表達(dá)模體
6.12 應(yīng)用fimo尋找數(shù)據(jù)庫已知的模體
6.13 應(yīng)用centimo尋找主要的富集模體
參考文獻(xiàn)
第7章 蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析
7.1 生物質(zhì)譜技術(shù)的基本原理
7.2 x!tandem軟件
7.3 mascot軟件
7.4 sequest軟件
7.5 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析tpp軟件
參考文獻(xiàn)
第8章 基因芯片數(shù)據(jù)處理和分析
8.1 芯片數(shù)據(jù)的獲取和處理
8.2 芯片數(shù)據(jù)聚類分析和差異表達(dá)基因篩選
8.3 genmapp芯片數(shù)據(jù)的可視化
8.4 通過geo檢索和提交芯片數(shù)據(jù)
8.5 應(yīng)用david工具對芯片數(shù)據(jù)功能注釋和分類
參考文獻(xiàn)
第9章 go基因本體和kegg代謝途徑分析
9.1 gene ontology數(shù)據(jù)庫
9.2 kegg數(shù)據(jù)庫
參考文獻(xiàn)
第10章 系統(tǒng)生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析
10.1 cytoscape軟件簡介
10.2 cytoscape軟件安裝
10.3 cytoscape基本操作
10.4 應(yīng)用bingo插件進(jìn)行基因注釋
10.5 應(yīng)用bioquali插件進(jìn)行基因表達(dá)分析
10.6 應(yīng)用agilent literature search插件進(jìn)行文獻(xiàn)搜索
10.7 鏈接bond數(shù)據(jù)庫做網(wǎng)絡(luò)分析
10.8 應(yīng)用插件cytoprophet預(yù)測潛在蛋白和結(jié)構(gòu)域的相互作用
參考文獻(xiàn)
第11章 bioperl模塊數(shù)據(jù)分析及其安裝
11.1 概述
11.2 bioperl重要模塊簡介和腳本實(shí)例
11.3 bioperl安裝
參考文獻(xiàn)
第12章 讀序列(reads)定位軟件bowtie
12.1 bowtie特性
12.2 burrows-wheeler(bw)轉(zhuǎn)換程序
12.3 不要求精確的比對搜索
12.4 回溯過量表達(dá)
12.5 階段搜索
12.6 bowtie的輸出格式
參考文獻(xiàn)
第13章 ucsc基因組瀏覽器
13.1 基因分類器(gene sorter)工具
13.2 基因組瀏覽器(genome browser)
13.3 蛋白質(zhì)組瀏覽器(proteome browser)
13.4 表瀏覽器(table browser)
參考文獻(xiàn)
第14章 snvs和indel識別分析方法及工具
14.1 bowtie工具
14.2 samtools軟件包
14.3 識別單核苷酸多態(tài)性(snp)
14.4 尋找同義突變和非同義突變
14.5 發(fā)現(xiàn)讀框內(nèi)插入缺失(in-frame indel)
14.6 發(fā)現(xiàn)其他類型的突變
參考文獻(xiàn)
第15章 小rna高通量測序數(shù)據(jù)分析
15.1 數(shù)據(jù)分析流程
15.2 rfam數(shù)據(jù)庫
15.3 mirbase數(shù)據(jù)庫
15.4 應(yīng)用mfold預(yù)測rna二級結(jié)構(gòu)
15.5 應(yīng)用miralign搜索mirna
15.6 應(yīng)用targetscan預(yù)測mirna的靶基因
參考文獻(xiàn)
第16章 rna測序(rna-seq)分析
16.1 tophat的分析流程
16.2 轉(zhuǎn)錄組讀序列比對
16.3 獲得基因表達(dá)譜及轉(zhuǎn)錄物表達(dá)譜
16.4 差異表達(dá)基因鑒定及注釋
16.5 snps/snvs及indels鑒定與注釋
16.6 選擇性剪切(alternative splicing)鑒定
16.7 tophat應(yīng)用實(shí)例
參考文獻(xiàn)
第17章 全基因組序列拼接的流程和方法
17.1 實(shí)例數(shù)據(jù)的獲取
17.2 短讀序列數(shù)據(jù)作圖到參考基因組
17.3 將短讀序列數(shù)據(jù)從頭拼接成染色體骨架
17.4 大規(guī)模染色體骨架拼接
17.5 草圖和實(shí)驗(yàn)物理圖譜間的比較
參考文獻(xiàn)
英漢對照詞匯
英文索引
中文索引
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